Pitanje:
pitanje formule dizajna
mario rossi
2019-08-05 20:47:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nisam siguran da gradim odgovarajuću formulu dizajna za pitanje na koje želim odgovoriti

Imam sljedeće uzorke s tri čimbenika; klon, struktura i stanje.

  struktura klona dijabetičar1 07 2D Dia2 21 2D Ctrl3 23 2D Dia4 32 2D Ctrl5 34 2D Dia6 43 2D Ctrl7 07 3D Dia8 21 3D Ctrl9 23 3D Dia10 32 3D Ctrl11 34 3D Dia12 43 3D Ctrl  

Želim povući diferencijalno izražene gene za strukturno (2D u odnosu na 3D) blokiranje klonom i onaj različito izražen uvjetom (bez obzira na strukturnu varijablu ).

Nisam siguran kako izraditi dizajn u jednom pozivu, stoga sam izradio prvi objekt koji je povukao 2D u odnosu na 3D blokiranje klonom koristeći sljedeće.

  des_structure <- DESeqDataSetFromHTSeqCount (sampleTable = sample, directory = "../data/htseq_geneCounts/", design = ~ clone + structure)  

za stanje kontrolirano str kurs koji sam koristio

  des_condidtion <- ddsHTSeq_diabetic <- DESeqDataSetFromHTSeqCount (sampleTable = sample, directory = "../data/htseq_geneCounts/", design = ~ structure + diabetic) / pre> 

Nisam siguran je li ovo najbolji način za izradu dizajna.

Jedan odgovor:
Devon Ryan
2019-08-06 01:42:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ne možete (lako) koristiti jedan dizajn, jer je klon ugniježđen unutar dijabetičkog statusa, pa ste bili ispravni koristeći dva odvojena dizajna. Vaši su dizajni točni.

Ako iz nekog razloga doista želite koristiti jedan dizajn, to bi bio ~ klon + struktura , a za potonju usporedbu na kraju biste završili koristeći prilično komplicirani kontrast (nešto poput c (rep (c (1, -1), 3), 0) ). Zaista to ne mogu preporučiti, osim ako imate vrlo uvjerljiv razlog, jer je znatno lakše razmišljati u smislu čimbenika za svoj eksperiment i ako ništa ne oštetite dvostrukim uklapanjem.

hvala na povratnim informacijama.


Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 4.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...