Pitanje:
Koje su prednosti i nedostaci različitih pozivatelja poziva u Oxford Nanopore Technology Sequencing?
charlesdarwin
2018-02-05 00:02:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Koje su prednosti i nedostaci različitih pozivatelja poziva u Oxford Nanopore Technology Sequencing?

Uskoro ću pokrenuti MINION na svom prijenosnom računalu. Što bih trebao uzeti u obzir pri odabiru osnovnog pozivatelja? Mogu li dopustiti Minionu da vrši sekvenciranje i generira fast5 datoteke i pozvati baze kasnije? Mislim da bih mogao koristiti Albacore. Metrichor i MinKNOW također mogu obaviti osnovni poziv. Postoje li razlozi za odabir jednog umjesto drugog?

četiri odgovori:
gringer
2018-02-05 06:12:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Postoje i besplatni i otvoreni pozivni kod treće strane koje Oxford Nanopore nije razvio.

Posebno treba napomenuti Chiron, koji je dao najbolji neispravljeni identitet sklopa. među osnovnim pozivima koje je Ryan Wick testirao. Sporiji je od Albacorea, ali čini se da je prilagodljiviji i teoretski bi se mogao koristiti za modeliranje bilo koje DNA značajke koja se može prepoznati u električnom signalu, a ne samo za bazni slijed A / C / G / T.

Postoji članak o Chironu na BiorXivu.

Scot
2018-02-05 03:18:40 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Prije svega - da, kasnije možete generirati FAST5 datoteke i basecall. Osnovno pozivanje tijekom izvođenja sekvenciranja korisno je ako brže želite rezultate. Ako želite, možete se prisjetiti i svojih FAST5 datoteka s više pozivača.

Trenutno postoji nekoliko načina pozivanja:

  1. MinKNOW
  2. Albacore
  3. Guppy

MinKNOW koristi ugrađenu verziju Albacore za obavljanje osnovnog poziva. Međutim, verzija u MinKNOW-u povremeno zaostaje za izdanom verzijom Albacore.

Guppy je GPU poboljšani basecaller, a ONT ga još nije objavio. Na GridIONu se koristi prema zadanim postavkama. Rezultati su slični, ali nisu identični Albacoreu, ali Guppy je puno brži ako imate podržani GPU.

Nekad je postojala cloud verzija osnovnog poziva u Metrichoru, ali ovo više nije dostupno, a svi osnovno pozivanje sada se mora izvoditi lokalno.

Predlažem da pogledate usporedbu Ryana Wicka različitih dostupnih osnovnih pozivatelja, jer je on učinio sveobuhvatan izgled (uglavnom iz kvalitativne perspektive ) kod različitih pozivatelja baze.

Kieran O'Neill
2018-12-18 00:51:37 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Vrijedno je napomenuti dvije stvari od prosinca 2018. godine:

  1. Albacore je zastario (ali je i dalje dostupan na portalu za razvojne programere Nanopore).

  2. Guppy je u aktivnom razvoju, pa usporedbe Ryana Wicka možda ne odražavaju trenutno stanje stvari. (Tvrdnja je da trenutna, upravo izdana verzija Guppyja koristi novi algoritam "flip-flop" koji poboljšava točnost u odnosu na Albacore.)

  3. MinKnow sadrži trenutnu verziju osnovni proizvođač poziva. Od današnjeg izdanja, ovo je prešlo s Albacore na Guppy. Ako želite, možete pokrenuti MinKnow za svoj osnovni poziv (koji će pokretati Guppy), ali za to će vam vjerojatno trebati napušteno računalo s pristupom dobroj količini prostora za pohranu.

Wouter De Coster
2018-02-05 17:23:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ovisno o vašem lokalnom sustavu, predložio bih pokretanje MinION-a bez lokalnog pozivanja, a osnovno pozivanje izvršite kasnije koristeći Albacore na poslužitelju / klasteru. To će zadržati niske zahtjeve za pohranom na vašem nanopore računalu. Neka albacore izbaci fastq datoteke što će biti u redu za većinu tipičnih aplikacija. Zadržite datoteke fast5 da ponavljaju osnovno pozivanje s novijim verzijama pozivača i pozivaju nukleotidne modifikacije.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...