Želim definirati dvije skupine stanica u svom skupu podataka i pronaći gene markere koji su specifični za jedno i za drugo. Postoji li način da se to učini u Seurat
? Recimo, ako proizvedem dva podskupa pomoću funkcije SubsetData
, postoji li način da ih ubacim u neku drugu funkciju koja bi izračunala gene markera? Ako ne, koje biste druge pakete preporučili za to?
Ako pogledate ovdje:
https://satijalab.org/seurat/seurat_clustering_tutorial_part2.html
Samo trebam način da definiram ident
sebe, broj razina (2) i dodijelim brojeve svakoj ćeliji (0, 1), a zatim pokrenem DE
između klastera 0
i 1
, što je očito kako to učiniti nakon.