Pitanje:
Ručno definirajte klastere u Seuratu i odredite gene markera
Nikita Vlasenko
2018-05-08 03:20:07 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Želim definirati dvije skupine stanica u svom skupu podataka i pronaći gene markere koji su specifični za jedno i za drugo. Postoji li način da se to učini u Seurat ? Recimo, ako proizvedem dva podskupa pomoću funkcije SubsetData , postoji li način da ih ubacim u neku drugu funkciju koja bi izračunala gene markera? Ako ne, koje biste druge pakete preporučili za to?

Ako pogledate ovdje:

https://satijalab.org/seurat/seurat_clustering_tutorial_part2.html

Samo trebam način da definiram ident sebe, broj razina (2) i dodijelim brojeve svakoj ćeliji (0, 1), a zatim pokrenem DE između klastera 0 i 1 , što je očito kako to učiniti nakon.

Odgovor na povezan problem izdan je na [github] (https://github.com/satijalab/seurat/issues/285). Samo kao alternativna referenca na izvrsne odgovore u nastavku)
Dva odgovori:
plat
2018-05-08 12:46:50 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mislim da tražite funkciju FindAllMarkers iz Seurat . Kao što ste rekli, jednostavno morate definirati svoj ident , koji mora imati strukturu tablice (nazivi ćelija kao imena, a klaster kao vrijednost): 

  pident = as.factor (klasteri) imena (pident) = cellNames object1 @ ident = pident

A zatim pokrenite funkciju FindAllMarkers : 

  FindAllMarkers (object1, min.pct = 0.25, min.diff.pct = 0.25)

U ovoj funkciji možete odrediti nekoliko parametara (vrsta DE za izvedbu, pragovi izraza itd.).

Peter
2018-05-15 20:49:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Seurat ima funkcije za dodavanje metapodataka i postavljanje identiteta. Dohvatite jedinstvena imena ćelija: 

  cell.labels <- seuratobject @ ident

Zamijenite stupac i njegovo ime oznakama klastera ( npr.), zatim: 

  seuratobject <- AddMetaData (seuratobject, metadata = cell.labels) seuratobject <- SetAllIdent (seuratobject, id = 'yourclusterlabels')

Budući da želite suprotstaviti dva klastera, predlažem upotrebu FindMarkers () za razliku od FindAllMarkers():

  FindMarkers (objekt, ident.1, ident.2)

Također može uspoređivati ​​kombinacije klastera.



ⓘ
Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 4.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...