Pitanje:
Macs2 vrhunsko pozivanje?
star
2018-06-07 21:33:25 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Upario sam krajnje ChIP-seq podatke sa 101 bp i 2 biološke replike za svaku. Vršio sam vrhunske pozive s macs2, ali imam nekoliko pitanja u vezi s tim.

Također sam se suočio s upozorenjem:

UPOZORENJE @ Četvrtak, 7. lipnja 2018. 17:06: 05: # 2 Budući da je d (197) izračunat iz uparenih vrhova manji od duljine oznake 2 *, na njega može utjecati nepoznati problem sekvenciranja!
UPOZORENJE @ Četvrtak, 7. lipnja 2018. 17:06:05: # 2 Možda ćete trebati razmotriti jedan od drugih alternativnih d: 197
UPOZORENJE @ Četvrtak, 7. lipnja 2018. 17:06:05: # 2 Ponovno možete pokrenuti postupak pomoću --nomodel --extsize XXX po vašem izboru ili proizvoljan broj. Ipak, MACS će nastaviti računati.

  1. Dodao sam --nomodel --extsize 197; --nomodel --extsize 147 i --nomodel --extsize 202 (odvojeno za naredbu macs2) i dobili rezultate bez ikakvog upozorenja? Koji je ispravniji?

  2. Proširuju li se široki vrhovi uskih vrhova? Ako primijenim presjek između njih, trebao bih očekivati ​​pronalazak 100% preklapanja između uskih i širokih vrhova?

  3. Koja je vrsta vrha (uska / široka) prikladna za H3k27ac, H3k4me1, Studija H3k4me3, H3k27me3?

  4. Ako ne postoji kontrolna grupa koja bi se koristila kao pozadina, mogu li koristiti zadane parametre?

cross posted: https://www.biostars.org/p/319418/
Jedan odgovor:
Devon Ryan
2018-06-07 23:52:03 UTC
view on stackexchange narkive permalink
  1. Vaša izvorna naredba bez --nomodel --extsize ... vjerojatno je najtočnija. Ovo upozorenje potječe iz vremena kada su čitanja bila puno kraća i vjerojatno nikada nisu imala toliko smisla za početak.
  2. Pozivanje širokog vrha u MACS2 u osnovi djeluje pronalaženjem gomile bliskih uskih vrhova i njihovim spajanjem. Ako imate stvarno široke signale, umjesto toga upotrijebite nešto poput histoneHMM .
  3. H3K27ac, H3K4me1 i H3K4me3 su uski. H3K27me3 je širok.
  4. Da, ali morat ćete potrošiti malo više vremena s podacima kako biste bili sigurni da su vrhovi razumni (morat ćete podesiti parametre ako nisu).
Dodavanje odgovoru Devona Ryana, pogledajte [ovu sliku] (https://i.stack.imgur.com/olCjj.png) iz [ENCODE] (https://www.encodeproject.org/chip-seq/histone/) .


Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 4.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...