Pitanje:
Kontrolirajte širinu samtoolova pregledajte "snimku" prilikom preusmjeravanja
Daniel Standage
2018-12-20 21:25:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Imam velik broj lokusa koje bih želio ručno ispitati pomoću samtools tview . Umjesto da tipkam ili kopiram-lijepim desetke koordinata, nadao sam se automatizirati generiranje gomilajućih "slika" (tekstualnih datoteka).

Uz neka eksperimentiranja upravo sada, bio sam sretan kad sam saznao da ako Određujem opciju prikaza -d H ili -d T , izlaz se lako može preusmjeriti u datoteku za kasniju inspekciju. Međutim, čini se da ne mogu kontrolirati zarobljeni prozor. Promjena širine prozora terminala ne mijenja izlaz, niti prilagođavanje zastavice -p (tj. -p chr1: 501-700 ). Bez obzira na sve, tview uvijek prijavljuje prozor od 80 bp u tekstualnom ili HTML načinu.

Mogu li to na neki način prilagoditi?

Dva odgovori:
dariober
2018-12-21 14:36:49 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Djelomično besramni utikač. Pogledajte može li vam ASCIIGenome pomoći u tome.

Da biste pregledali brojne regije koje ste spremili u, recimo, datoteku kreveta, možete ih obraditi u paketu ili učitati BAM (e) i datoteku kreveta i skočiti iz jedan interval kreveta do sljedećeg pomoću naredbe next -start .

Daniel Standage
2019-04-24 19:53:41 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ovo sam pitanje unakrsno objavio na službenom tražilici izdanja samtools-a i konačno dobio odgovor.

Gledajući kôd za HTML prikaz, vidim ovo i ovo. Pa možda pokušajte

COLUMNS = 200 samtools tview -d H -p CHR: X-Y aln.bam ref.fasta



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 4.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...