Pitanje:
Mrežna usporedba pojedinačnih stanica (iz podataka o sekvenciranju)
Peter
2018-05-29 18:50:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Koje metode možemo koristiti za usporedbu mreža (PPI, regulacija gena itd.) stvorenih na temelju podataka o ekspresiji jednoćelijskih gena (ili proteomike)?

Postoje metode koje konstruiraju mreže uspoređujući dva uvjeta (npr. iz (genske) koekspresije ili diferencijalne korelacije gena (DGCA, Diferencijalna analiza korelacije gena)) i zaključiti svojstva temeljena na tim mrežama.

Ono što me ovdje zanima je usporedba mreža konstruiranih za svaka pojedinačna stanica. Mreže se mogu konstruirati isključivo iz podataka ili pomoću poznatih interakcija (rubova) uz pomoć baze podataka. Te bi se usporedbe mogle koristiti za razumijevanje ili klasifikaciju stanica.

Ovo će vjerojatno zahtijevati metodu mrežne konstrukcije (što može biti teško jer nemamo replike za pojedinačne stanice), neki oblik mjere / sličnosti mreže metoda poravnanja. To je općenito vrlo težak zadatak, ali ovdje imamo korespondenciju 1: 1 za svaki čvor između ćelija (mreža), što bi trebalo pomoći.

Slične rasprave na

Jedan srodni rad za jednoćelije je Chan i sur., 2017., koji koristi grupe stanica (stvorenih drugim metodama, npr. grupiranjem) za izgradnju mreža i ručno ih uspoređuje (zajednički rubovi / Vennov dijagram).

Možete li pojasniti želite li alat / metode za izgradnju tih mreža za svaku pojedinu ćeliju ili alat / metode za usporedbu stanica prema mreži koju već imate (tj. Pod pretpostavkom da već imate mrežu za svaku ćeliju)? ako pitate za oboje, moglo bi biti preširoko i svako bi pitanje trebalo biti samo za sebe da biste dobili dobre odgovore.
Pa, zanima me oboje. Kako se čini da takvih metoda još nema, mislim da možemo ostaviti pitanje kakvo jest i napraviti novo kada i ako će se na to odgovoriti - i trebamo daljnje rasprave.
Možete li pojasniti na koju vrstu usporedbe mislite. Zanimaju li vas samo zajednički / različiti rubovi? Ili također pokušavate usporediti topologiju mreže, analize najkraćih putova, centralnost, particiju mreže (koja metoda?), Itd. Itd. Postoji mnogo mjernih podataka koje možete izračunati za mreže. Ako samo želite pronaći zajedničke rubove, to je trivijalno, pod pretpostavkom da imate mreže. Je li to zaista sve što vam treba?
Na ovo ne mogu odgovoriti: vjerujem da je suština mog pitanja ono što pitate; tj. koje su metrike dostupne i koja bi se od tih "usporedbi mogla koristiti za razumijevanje ili klasifikaciju stanica".
Jedan odgovor:
llrs
2018-05-30 13:11:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mrežu od jedne ćelije ne možete graditi samo s izrazom jedne ćelije. Ili vam trebaju prethodne poznate interakcije ili putevi ili trebate upotrijebiti nekoliko stanica / uzoraka. Ako koristite prethodno poznate informacije, možete upotrijebiti informacije o putovima, u suprotnom možete grupirati neke stanice i upotrijebiti nešto na liniji WGCNA za pronalaženje skale besplatna mreža.

U prvom slučaju možete dodati izraz na nju i vidjeti što se događa, koji se rubovi zadržavaju, a koji ne ...


Jednom kad imati mrežu za svaku ćeliju možete usporediti mjerne podatke za svaku ćeliju. Neke su metrike koje treba razmotriti u središtu svakog gena i među njima.
Općenitije, možete pogledati slijedi li topologiju bez razmjera ili drugu vrstu mrežnih struktura ili koliko je čvorova prisutno, kako prisutni su mnogi rubovi ...

Zahvaljujemo što ste pojasnili da mrežu nije moguće izgraditi na temelju podataka jedne ćelije. Ionako bih radije koristio neku bazu podataka o referentnim interakcijama - zašto zanemariti to znanje.


Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 4.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...