Pitanje:
Što su dubleti u podacima o RNA-seq jedne stanice?
gc5
2017-12-28 04:13:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Čitam Konzorcij Tabula Muris i sur. (pp).

U nekim su organima stanice s više od 2 milijuna čitanja također izuzete kao konzervativna mjera kako bi se izbjegle udvostručenja.

Kako se točno definira "dublet"? Na primjer, je li dublet skup stanica sekvenciranih kao jedna stanica (i tako je broj prijepisa dvostruk)?

Želite objasniti negativne glasove?
Nisam vas podržao, ali ovo pitanje (po mom ukusu) ne pokazuje ** nikakav istraživački napor, mislim da se takva vrsta negativnih glasova može spriječiti pokazivanjem napora da sami riješite pitanje, na primjer pokazujući koja članke jeste li čitali o dubletima (ako postoje) ili kakvu ste pretragu učinili kako biste pronašli više informacija, čak i ako su neuspješne.
Dva odgovori:
gringer
2017-12-28 04:28:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Je li dublet skup ćelija sekvenciranih kao jedna ćelija?

Da. Ovisno o metodi sekvenciranja pojedinačnih stanica, može biti više ili manje vjerojatno da će skupine stanica biti zarobljene i kodirane istim "jedinstvenim" barkodom. To je vjerojatnije u sekvenciranju RNA s podijeljenim bazenom (npr. SPLiT-seq), a manje u sekvenciranju RNA za hvatanje stanica (npr. Fluidigm C1). Dubleti se također mogu stvoriti fizičkim / eksperimentalnim procesima (npr. Iz tkiva koja nisu bila potpuno razdvojena).

Imajte na umu da otkrivanje dubleta nije tako jednostavno kao brojanje za udvostručavanje izraza transkripta, jer profili ekspresije su različiti u različitim stanicama. Zbog toga je sekvenciranje jednoćelija korisno u prvom redu.

"Manje vjerojatno u sekvenciranju RNA za hvatanje stanica" - osim što je C1 nekad imao notornu manu koja je pokvarila njegovo otkrivanje dubleta kad su bili z-slagani.
stemgal
2017-12-29 18:35:24 UTC
view on stackexchange narkive permalink

"Doublet" se obično koristi za opisivanje kapljice u sekvenciranju na temelju kapljica koja je uhvatila najmanje 2 stanice. 10x navodi da je njihova stopa udvostručavanja 0,8% na 1000 ćelija:

enter image description here

Postoji kompromis između ciljanih hvatanje stanica i stopa udvostručenja i laboratorijski protokoli obično su optimizirani za određenu očekivanu brzinu udvostručenja.

Treba očekivati ​​da ćemo vidjeti skoro udvostručavanje transkripata, ali nije trivijalno to zaključivati ​​računski.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...