Pitanje:
Kako pokrenuti HYPHY na više datoteka ne interaktivno?
Iakov Davydov
2017-05-17 14:15:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Želio bih testirati pozitivnu selekciju u velikom skupu gena.

Želim odgovoriti da / ne na pitanje je li se gen razvijao pod pozitivnom selekcijom. Stoga sam za svoju analizu odabrao model BUSTED, koji je implementiran u HYPHY.

Kada pokrenem HYPHY u naredbenom retku, dobivam seriju na pitanje moram odgovoriti u interaktivnom obliku.

Postoji li način da se izvrši skupna analiza koja uključuje više skupova podataka, tj. mnoštvo poravnanja sekvenci?

Što je BISTED i HYPHY? Što ste to pokušali učiniti? Pomaže li vam priručnik?
@Llopis HYPHY je softver za pozitivnu seleciton analizu, koji je popularan, ali složen za upotrebu. BUSTED je model za identifikaciju pozitivnog odabira na cijelom genu. , pa je jasnije. Ovo pitanje prilično redovito postavljaju ljudi koji pokušavaju provesti dN / dS analizu. Ovdje sam svoje znanje podijelio u obliku odgovora i odgovora.
Ovo još uvijek nije ** službeno pitanje i ako web lokacija ne radi, bit će zatvorena i izbrisana. Dodavanje ([uređivanje] konteksta pitanju) učinilo bi pitanje boljim za buduće čitatelje ako stranica konačno ruča
@Llopis Ispravio sam pitanje. Mislite li da je sada bolje?
Bolje je, ali kakvog kralja niza pitanja i odgovora dobivate? Koju verziju programa koristite? Pod kojim OS-om (ako je to važno)? (Još uvijek nisam uvjeren da je to na temu ... ali da vidimo)
Jedan odgovor:
Iakov Davydov
2017-05-17 14:15:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

TL;DR

Napravio sam sljedeću bash skriptu za generiranje ulazne datoteke za HYPHY.

  #! / bin / bashcat << EOFinputRedirect = {}; inputRedirect ["01"] = "Univerzalno"; // genetski kodinputRedirect ["02"] = "$ (veza za čitanje -f $ 1)"; // kodon datainputRedirect ["03"] = "$ (veza za čitanje -f $ 2)"; // treeinputRedirect ["04"] = "$ {3: -Sve}"; // Test za odabir na graniciinputRedirect ["05"] = ""; // dovrši selectionExecuteAFile (HYPHY_LIB_DIRECTORY + "TemplateBatchFiles / BUSTED.bf", inputRedirect); EOF  

Ako želite testirati sve grane zajednički pokrenuto:

  ./gen_busted.sh alignment.phy tree.nwk > script.bf  

Ili za određenu granu:

  ./gen_busted.sh alignment.phy tree.nwk branchLabel > script.bf  

A zatim pokrenite:

  HYPHYMP script.bf  

Sada ste može koristiti skriptu za generiranje datoteke .bf za svako poravnanje niza koje imate i pokretanje HYPHY za svaku datoteku.

Dulja verzija

Opisat ću kako napraviti sličnu skriptu za bilo koji model, poput MEME, RELAX ili PARRIS.

Prvo, pronađite skriptu .bf koja izvodi analizu . Na GNU / Linuxu trebao bi biti na HYPHY_INSTALLATION_PATH / lib / hyphy / TemplateBatchFiles (može se razlikovati među različitim OS-ima). U slučaju BUSTED vaša skripta ima ime BUSTED.bf.

Sada pokrenite ovaj model u interaktivnom načinu kako biste zabilježili sve ulaze potrebne od modela. Svakako navedite pune staze do svih datoteka.

  HYPHYMP HYPHY_INSTALLATION_PATH / lib / hyphy / TemplateBatchFiles / BUSTED.bf  

U slučaju BUSTED ulazi su:

  1. Genetički kod.
  2. Podaci kodona (poravnanje sekvence u phylip formatu).
  3. Stablo (u newicku format).
  4. Koje grane testirati.

Sada za svako poravnanje ulaza trebate generirati batch datoteku koja izgleda ovako:

  inputRedirect = {}; inputRedirect ["01"] = "Univerzalno"; // genetski kodinputRedirect ["02"] = "/ put / do / poravnanje.phy"; // kodon datainputRedirect ["03"] = "/ put / do / tree.nwk"; // treeinputRedirect ["04"] = "Sve"; // Test za odabir na svim granamainputRedirect ["05"] = "BRANCH1"; // Test za odabir na grani1 inputRedirect ["06"] = "BRANCH2"; // Test za odabir na grani2 inputRedirect ["07"] = ""; // dovrši selectionExecuteAFile (HYPHY_LIB_DIRECTORY + "TemplateBatchFiles / BUSTED.bf", inputRedirect);  

Sada možete stvoriti skriptu koja generira datoteku. Najvažnija stvar, ne zaboravite koristiti pune staze u datoteci .bf .

Nisam moderator, ali trebali bismo postavljati stručna pitanja koja bi definirala tematiku stranice u ovoj fazi web stranice. Ako počnemo pitati o tome kako napraviti X u svakom programu. Završit ćemo bez pitanja stručnjaka.
@Llopis Dijelio sam slične (ali manje detaljne) informacije s trojicom mojih kolega iz mog odjela, od kojih su neki postdocs. Ovo se posebno pitanje postavlja iznova, jer unatoč činjenici da se softver mnogo koristi ( gotovo 2k citata), dokumentacija je vrlo preliminarna i razbacana.
Da biste dokumentirali da biste mogli koristiti svoje privatno mjesto ili blog, ne nužno i ovo mjesto. Ili biste se čak mogli obratiti dobavljačima softvera da biste riješili taj problem ako žele da ljudi koriste njihov softver.
Vjerojatno je još uvijek za raspravu, ali što je loše u odgovoru na _često postavljana_ pitanja poput: 'Kako natjerati alat X da izvrši zadatak Y'? Područje bioinformatike vjerojatno je prepuno slabo dokumentiranih alata koje su autori napustili zbog nedostatka financijskih sredstava. Zasigurno je Stack Overflow pun ove vrste pitanja: https://stackoverflow.com/search?q=how+to
@holmrenser nije ništa loše, ali privatna beta prisiljava nas da napišemo sjajna pitanja za stručnjake: "Privatna beta daje vam priliku da sjajno započnete web stranicu sa stručnim pitanjima i odgovorima.". Kažem da mi se odgovori ne čine stručnim pitanjem. Ali možda sam u potpunosti u krivu: D


Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...