Pitanje:
Postoji li standardni format datoteke za računanje k-mer?
Jon Deaton
2017-07-26 06:44:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Radim istraživački projekt koji uključuje izračunavanje k-mer frekvencija i zanima me postoji li neki standardni format datoteke za pohranu brojača k-mer.

Dva odgovori:
gringer
2017-07-26 10:13:35 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Koliko sam upoznat. Alat za alate Ray koristio je (a možda i još uvijek čini) pohranjivanje kmersa kao FASTA datoteka gdje je zaglavlje bilo brojanje sekvence, što sam mislio da je prilično uredno kopiranje formata datoteke FASTA. Čini se da ovaj format koriste i Meduze kada izvještava o kmer frekvencijama naredbom dump (ali njegov zadani izlazni format je prilagođeni binarni format):

Dump potkomanda daje popis svih k-mersa u datoteci povezanim s njihovim brojanjem. Prema zadanim postavkama, izlaz je u FASTA formatu, gdje redak zaglavlja sadrži broj k-mer, a dio sekvence je slijed k-mer. Prednost ovog formata je u tome što izlaz sadrži slijed k-mersa i može se izravno uvesti u drugi program koji očekuje vrlo uobičajeni FASTA format. Pogodniji format stupca (za ljude) odabire se prekidačem -c.

Meduze promijenile su svoj interni format između v1 i v2 (obje nisu FASTA) , jer su se prebacili na brojanje na temelju procvata filtra. Jellyfish2 ima opcionalnu dvopropusnu metodu koja postavlja međufazu bloom filtra za bilježenje kmersa i više različitih formata završnog izvješćivanja.

Khmer također koristi bloom filtre, ali u malo drugačiji način. Također je proširen kako bi bio koristan za particioniranje i usporedbu skupova podataka.

Daniel Standage
2017-07-26 22:39:51 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Na temelju mog iskustva s pregledom softvera za brojanje k-mer i kao ključnog suradnika na projektu khmer, mogu sa sigurnošću reći da ne postoji široko korišten standardni format.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...