Pitanje:
Alati za simulaciju čitanja Oxford Nanopore
Daniel Standage
2017-05-22 23:19:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Postoje li dostupni besplatni softverski alati otvorenog koda za simulaciju čitanja Oxford Nanopore?

Za što planirate simulirati podatke? Po mom mišljenju, s obzirom na bogatstvo javno dostupnih stvarnih skupova podataka, malo je potrebe za simulacijom, osim u vrlo specifičnim slučajevima korištenja.
Često je korisno simulirati varijantu ili neku drugu vrstu genomskog artefakta kako bi se procijenilo može li alat ili skup alata ispravno identificirati artefakt. To je puno lakše učiniti na simuliranim podacima gdje znate točan odgovor, a izuzetno je vrijedno čak i ako simulirani podaci nisu savršeni odraz stvarnih podataka.
četiri odgovori:
#1
+8
Leo Martins
2017-05-23 01:43:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Slučajno sam baš danas čuo za simulator čitanja nanopora, NanoSim. je objavljen pod GPL licencom. Nikad ga nisam koristio ...

#2
+8
Karel Brinda
2017-05-30 00:09:22 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Simulatori dizajnirani posebno za Oxford Nanopore:

Općenito dugo čitani simulatori:

Za iscrpan popis postojeći simulatori čitanja, pogledajte stranicu 15 mojeg rada, Nove računske tehnike za mapiranje i klasificiranje podataka o sekvenciranju sljedeće generacije .

#3
+6
burger
2017-05-23 04:05:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Uz već spomenuti NanoSim, postoje i SiLiCO i ReadSim (iako nije ažuriran više od 2 godine , tako da nisam siguran koliko je to relevantno u ovom trenutku s obzirom na to kako brzo tehnologija napreduje).

#4
+2
gringer
2017-05-24 08:36:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Najbolji simulatori za čitanje nanopora bili bi povezani s najboljim pozivima na bazu. Da bi osnovni pozivatelj učinkovito modelirao lanac DNA, on mora uzeti u obzir očekivani osnovni električni model zajedno s pripadajućim šumom signala (kako u vremenskoj dimenziji tako i u dimenziji amplitude). U teoriji bi trebalo biti moguće preokrenuti algoritam i generirati električni signal s obzirom na temeljni niz.

Nažalost, nisam upoznat ni s jednim alatom koji pokušava simulirati očitavanje nanopora na električnoj razini. Bilo koji "simulator čitanja nanopore" koji se koncentrira samo na osnovni slijed trebao bi obuhvatiti sve moguće softverske modele koji pozivaju bazu, što je nemoguć zadatak (posebno s obzirom na to koliko brzo ONT ažurira vlastite pozivatelje).



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...