Pitanje:
Uvoz GFF datoteke s Biopythonom
Alex Summers
2018-12-10 08:19:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Postoji li način za uvoz GFF datoteke za organizam s Biopythonom na isti način na koji to možete učiniti za Genbank datoteku?

Na primjer,

  iz Bio uvezi Entrez kao ezez.email = '...' handle = ez.efetch (db = 'gen', id = 'AE015451.2', rettype = 'genbank', retmode = 'xml') h = handle.read ( ) print (h)  

Ovo će uvesti Gebank xml datoteku za Pseudomonas putida. Postoji li način da se to učini za GFF datoteku?

Tri odgovori:
Joe Healey
2018-12-12 01:53:27 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Za gff rukovanje koristio bih BCBio jer je napisan za izravno sučelje s objektnim modelom BioPythona.

Jedina mana je što vjerujem da više nije aktivno podržan. Međutim, to je paket koji se BioPython dokumenti općenito koriste. Postoje planovi za pravilno uključivanje GFF / GTF parsera u BP u ne tako dalekoj budućnosti prema toj poveznici.

Daniel Standage
2018-12-13 20:35:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Većina GFF analizatora obrađuje posao čitanja podataka bilješki u objekte radi praktičnog pristupa podacima, ali većina ne rješava važan zadatak rješavanja odnosa između značajki. Oznaka Python biblioteka čini oboje, grupirajući povezane značajke zajedno za inspekciju, obilazak i obradu značajki po značajki.

CAVEAT : Biblioteka oznaka podržava samo GFF3.

ODRICANJE ODGOVORNOSTI : Ja sam programer biblioteke oznaka, pa je ovo besramni dodatak. :-)



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 4.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...