Pitanje:
Jesu li fgsea i Broad Institute GSEA ekvivalentni?
llrs
2017-05-19 17:32:54 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dostupno je nekoliko metoda obogaćivanja genskog skupa, a najpoznatiji / najpopularniji je alat Broad Institute. Dostupni su mnogi drugi alati (pogledajte, na primjer, biocView od GSE koji navodi 82 različita paketa). Razmatra se nekoliko parametara:

  • statistika koja se koristi za poredak gena,
  • ako su konkurentni ili samostalni,
  • ako jesu pod nadzorom ili ne,
  • i kako se izračunava rezultat obogaćivanja.

Koristim paket fgsea - Fast Gene Set Enrichment Analysis za izračunajte bodove obogaćenja i netko mi je rekao da se brojevi razlikuju od onih na Broad Instituteu, unatoč tome što su svi ostali parametri ekvivalentni.

Jesu li ove dvije metode (fgsea i Broad Institute GSEA) jednake za izračunavanje rezultat obogaćivanja?

Pregledao sam algoritme oba rada i oni se čine prilično sličnima, ali ne znam jesu li u stvarnim skupovima podataka ekvivalentni ili ne.

Postoji li članak koji pregledava i uspoređuje kako metoda ocjene obogaćivanja utječe na rezultat?

Dva odgovori:
#1
+7
burger
2017-05-21 01:24:45 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Prema FGSEA pretprintu:

Pokrenuli smo referentni GSEA sa zadanim parametrima. Broj permutacije postavljen je na 1000, što znači da je za svaki skup ulaznih gena generirano 1000 neovisnih uzoraka. Ponavljanje je trajalo 100 sekundi i rezultiralo je 79 genskih setova s ​​vrijednošću q-vrijednosti FDR-a prilagođenom GSEA-i manjom od 10-2. Svi značajni setovi gena bili su u pozitivnom načinu. Prvo, da bismo dobili sličnu nominalnu točnost p-vrijednosti, pokrenuli smo FGSEA algoritam na 1000 permutacija. To je trajalo 2 sekunde, ali nije rezultiralo značajnijim pogocima zbog korekcije višestrukog testiranja (s FRD ≤ 1%).

Dakle, FGSEA i GSEA nisu identični.

I opet u zaključku:

Prema tome, skupovi gena mogu se preciznije rangirati u rezultatima i, što je još važnije, mogu se primijeniti standardne višestruke metode korekcije ispitivanja umjesto približnih kao u [GSEA].

Autor tvrdi da je FGSEA točniji, pa ne može biti ekvivalentan.

Ako vas posebno zanima ocjena obogaćivanja, kojima se obratio autor u komentarima na pretisak:

Vrijednosti rezultata obogaćivanja i normaliziranih rezultata obogaćivanja jednake su i za široku verziju i za fgsea.

Dakle, čini se da je taj dio isti.

Da, pretprint govori o tome kako se p-vrijednosti različito izračunavaju, ali pitao sam je li rezultat obogaćivanja isti ili ne, bio sam svjestan različitih načina izračuna p-vrijednosti. Odgovor pronalazim od samog autora
Oprosti. Nisam shvatio da ste posebno pitali za ocjenu obogaćivanja. Možda ćete htjeti urediti pitanje kako biste to učinili očitijim.
#2
+4
llrs
2017-05-21 15:41:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Otkrio sam da je autor odgovorio na to u raspravi u pretprintu

Pitam se je li rezultat obogaćivanja izračunat na isti način kao i kod širokog gsea? / p>

Vrijednosti rezultata obogaćivanja i normaliziranih rezultata obogaćivanja jednake su i za široku verziju i za fgsea.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...