Pitanje:
Koje su prednosti i nedostaci između upotrebe KEGG-a ili Reactome-a?
llrs
2017-05-24 12:35:31 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kao analiza obogaćivanja uobičajeni je korak zaključivanje putova obogaćenih popisom gena. Međutim, ne mogu naći raspravu o tome koja je baza podataka bolja. Dvije najpopularnije (u mom osobnom okruženju) su Reactome i KEGG (možda zato što u Bioconductoru postoje alati koji ih koriste). KEGG zahtijeva pretplatu za ftp pristup, a za svoje bih istraživanje trebao preuzeti velike količine KGML datoteka I sada se naginjem prema Reactomeu

Koji je onaj s više gena povezanim s putovima? Što je potpuno zabilježeno? Postoji li papir koji ih uspoređuje?

Možete li to preformulirati kao "koje su prednosti i nedostaci" umjesto "koji je bolji"? SE ne voli ovo drugo za QA format, ali mislim da je prvi u redu.
Učinjeno @MichaelSchubert to biste i sami mogli promijeniti. Ali mislim da su obje u redu ako se objavi ono bolje, općenito (bolje za X i Y) YMMV
Ovaj BioStars post može biti koristan, iako je star nekoliko godina https://www.biostars.org/p/3432/
Hvala @Chris, ali to je pitanje staro 6,5 godina i stvari su se promijenile u to vrijeme (uključujući naknadu za ftp pristup KEGG-u).
@Llopis da, uredio sam to detaljno neposredno prije nego što ste odgovorili. Ne kažem da ovo vaše pitanje čini suvišnim, samo upućujući na možda korisnu vezu
Trebali biste pogledati http://www.pathwaycommons.org/ za preuzimanje podataka o putovima. Možda biste mogli ići s obje (ili više njih), umjesto da samo odaberete jednu.
@woemier Da, zapravo koristim i Reactome i Kegg, ali problem je u usporedbi jesu li putovi jedne baze podataka i druge jednaki bez obzira na naziv
Tri odgovori:
#1
+4
Kamil S Jaron
2017-05-25 03:59:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jedan veliki nedostatak KEGG-a je pitanje licenciranja. Jedna od velikih prednosti Reacomea su razne križne veze do drugih baza podataka i podataka.

ad 1, Ovisi o tome na kojem putu su obje primarne baze podataka. Ponekad druge baze podataka koje na primjer kombiniraju podatke primarnih baza podataka imaju bolje obilježavanje putova (primjer je u donjem dijelu pregleda)

ad 3, Postoji vrlo opsežna relativno nova (2015) pregled ove teme usredotočio se na ljudske putove: Usporedba baza podataka signalnih putova ljudskih stanica - evolucija, nedostaci i izazovi. Međutim, tamo nisam mogao pronaći koji je cjelovitiji ...

#2
+4
agapow
2017-05-26 14:41:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Za vas bi glavna poanta bila hoće li vam analiza obogaćenja dati informativni odgovor. To je ono što će pojedinu bazu podataka učiniti boljom. A u njihovoj konstrukciji donose se svakakve subjektivne odluke o tome što je put, što uključiti, gdje povući granice itd., Pa će različite baze podataka dati različite odgovore i neće biti jasno što je ispravnije.

Dakle, pregledajte reference / upute koje su ljudi dali, odaberite uslugu i koristite je, a ne druge. Ne skačite po bazama podataka dok ne dobijete odgovor koji vam se sviđa, to je samo ribolov.

+1 za zadnju rečenicu, tako je lako reći da ću provjeriti s X jednom ako netko dobije "dobre" rezultate i ako se oboje slože onda nastavite.
#3
  0
Johannes Griss
2017-06-01 12:05:30 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Po meni je jedna velika prednost Reactome-a njegova vizualizacija pomoću web sučelja.

Mnogi se putovi (u Reactomeu i KEGG-u) sastoje od gena / proteina koji se reguliraju gore-dolje kroz određeni put. Ako napravite jednostavnu analizu prezastupljenosti, to se neće uzeti u obzir. Stoga biste na kraju mogli vidjeti put kao "prekomjerno izražen", iako su češće promatrani samo geni dolje regulirani.

U Reactomeu možete vrlo povoljno zumirati različite putove, a zatim ih pokupiti nedosljednosti. Zapravo nisam pronašao javnu bazu podataka i alat koji mogu uzeti u obzir ove različite propise. Stoga će vam vjerojatno uvijek trebati neko ručno istraživanje vaših podataka. Po mom mišljenju, ovo je lakše s Reactomeom nego s KEGG-om.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...