Pitanje:
Temeljeno na usklađivanju u odnosu na referencu (analiza transkriptoma)?
SmallChess
2017-05-17 10:19:49 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Želim se usredotočiti na analizu transkriptoma. Znamo da je moguće analizirati eksperiment RNA-Seq na temelju poravnanja ili k-mersa.

Mogući tijek poravnanja:

  • Poravnavanje slijeda čita se s TopHat2
  • Kvantificirajte ekspresiju gena pomoću Manžete

Mogući tijek rada bez referenci:

  • Kvantificirajte slijed čita s Kallisto indeksom bez reference

Obje strategije generiraju tablicu ekspresije gena.

P: Što su prednosti i nedostatke za svaki pristup? Možete li dati smjernice?

Kvantificiranje bez referenci zapravo ne postoji (a Kallisto nije to).
Evo projekta koji pokušava izraditi alate za podatke o nizanju propusnosti bez reference: https://colibread.inria.fr/project/
Dva odgovori:
#1
+11
Sarah Carl
2017-05-17 12:58:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Prije svega, naglasio bih da alati za kvantifikaciju bez poravnanja poput Salmon i Kallisto nisu bez referenci. Osnovna razlika između njih i tradicionalnijih alignera je ta što oni ne izvještavaju o određenom položaju (bilo u genomu ili u transkriptomu) na koji se čitani preslikava. Međutim, njihova je sveukupna svrha još uvijek kvantificirati razine izražavanja (ili razlike) poznatog skupa prijepisa; stoga im je potrebna referenca (koja se može proizvoljno definirati).

Najvažniji kriterij za odlučivanje koji pristup ćete koristiti (a to vrijedi za gotovo sve u genomici) je točno koje pitanje želite odgovor. Ako ste prvenstveno zainteresirani za kvantificiranje i usporedbu ekspresije zrele mRNA iz poznatih transkripata, tada bi poravnanje temeljeno na transkriptomu moglo biti najbrže i najbolje. Međutim, možda ćete propustiti potencijalno zanimljive značajke izvan onih poznatih transkripata, kao što su nove izoforme, nekodirajuće RNA ili informacije o razinama pre-mRNA, koje se često mogu prikupiti iz intronskih čitanja (vidi EISA metoda).

Ovaj rad također ima nekoliko dobrih razmatranja o tome koji alati mogu najbolje raditi ovisno o pitanju na koje želite odgovoriti.

Na kraju, još jedno brzi i fleksibilni alat za poravnavanje (koji se može koristiti s referentnim transkriptomom ili bez njega) je STAR.

#2
+7
H. Gourlé
2017-05-17 11:29:37 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ne bih rekao da Kallisto (ili Losos) nisu referenci. Oni koriste transkriptom kao referencu i koncept nazvan pseudo-poravnanje koji uvelike ubrzava postupak dodjeljivanja vaših očitavanja transkriptu.

To je, oba pristupa (i) mapiranja protiv referentnog genoma (ono što ste nazvali tijek poravnanja ) i (ii) mapiranje protiv referentnog transkriptoma služit će u različite svrhe

Mapiranje transkriptoma pomoću pseudoalignenta postaje metoda izbora za gen / kvantifikacija transkripta i analiza diferencijalne ekspresije. Nedostatak je što se usredotočujete samo na poznate prijepise

Dva su tipična tijeka rada:

  • Kallisto nakon čega slijedi sleuth
  • Losos, nakon čega slijede tximport i DESeq2 / EdgeR

Mapiranje genoma korisno je, na primjer, za otkrivanje novih izoformi. Više ne biste trebali koristiti TopHat jer ga je autor ukinuo.

Tipičan tijek rada bio bi:

  • Hisat2 (poravnanje)
  • StringTie (sastavljanje transkripata i procjena obilja)
  • Ballgown (diferencijalni izraz)
Vrijedno je napomenuti (uz ovaj vrlo koristan odgovor) da se losos može koristiti i sa sleutom pomoću paketa [wasabi] (https://github.com/COMBINE-lab/wasabi).


Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...