Pitanje:
Mogu li modelirati tehničke replike u DESeq2?
Konrad Rudolph
2017-05-24 14:32:27 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Obično bih koristio collaReplicates (ili radim kolaps uzvodno) za rukovanje tehničkim replikama.

Međutim, u mom trenutnom eksperimentalnom dizajnu RNA-seq, uzorci su sekvencirani dva puta koristeći različite protokole za pripremu knjižnice, što dovodi do značajnih razlika u rezultirajućim procjenama broja (u stvari, izbor različitog protokola objašnjava većinu odstupanja u skupnim podacima prema PCA-u). Stoga bih želio modelirati te razlike dodavanjem kao kovarijantu DESeq2 modelu.

Pomislio sam Mogu jednostavno dodati još jedan faktor u dizajnersku formulu, ekvivalentan primjer "pasilla" u vinjeti DESeq2, koji dodaje faktor type za tip knjižnice (single-end vs paired-end). Međutim, pasilla vinjeta navodi da su te različite knjižnice zapravo neovisne biološke replike, a ne tehničke replike kao što sam ranije pretpostavljao.

Sad sam zabrinut da bi tehničke replike u dizajnu mogle umjetno napuhati snagu. Može li se dizajn popraviti?

Vrijedno je napomenuti da također imamo biološke replike i dizajn punog ranga; tj. svaka kombinacija liječenja i pripreme za biblioteku, s biološkim replikama.

Dva odgovori:
#1
+5
Devon Ryan
2017-05-24 15:20:26 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Praktično govoreći, ne postoji način da se u taj dizajn uvrste tehničke replike (barem u DESeq2). Vaša je zabrinutost u vezi s napuhavanjem snage točno točna i jedini način borbe protiv nje bio bi dodavanje čimbenika uparivanja kao što bi to mogao biti slučaj sa kontrolom slučaja ili studijama normalnih tumora. Odnosno, nešto poput:

  knjižnica grupaPripremni uzorak1 WT A 12 WT B 13 MUT A 24 MUT B 25 WT A 36 WT B 37 MUT A 48 MUT B 4  

Ovdje sample uparuje tehničke replike zajedno. Međutim, ovo na kraju ili nedostaje u rangu ili na kraju nije informativnije.

#2
+5
A_Skelton73
2017-05-24 16:09:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ako su doista tehničke replike, onda nema načina da ih modelirate pomoću DESeq2 *, kao što ste aludirali na funkciju collaReplicates . Opća preporuka DESeq2 / Mikea Lovea s kolapsReplikati je samo dodavanje čitanja za tehničke replike.

Ako ih želite modelirati umjesto da ih sažete, možete voom transformirati svoje podatke i slijediti primjer sličan odjeljku 11.3 u Vodiču za korisnike Limme.

(Primjer koda iz 11.3):

Dizajn

  | Ime datoteke | Cy3 | Cy5 || --------- |: -----: | ----: || Datoteka1 | wt1 | mu1 || Datoteka2 | wt1 | mu1 || Datoteka3 | wt2 | mu2 || Datoteka4 | wt2 | mu2 |  

Primjer

  > biolrep <- c (1, 1, 2, 2) > korfit <- duplicateCorrelation (MA, ndups = 1, block = biolrep) > fit <- lmFit (MA, block = biolrep, cor = corfit $ konsenzus) > fit <- eBayes (fit) > topTable (fit, top = "" kod> 

* Uredi: Kao što @Devon Ryan spominje, upareni model možete dizajnirati u DESeq2 , ali pazite da napravite ovaj puni rang.

Ovaj me odgovor natjera da pomislim da nam je potrebna podrška za izgled tablice na ovom web mjestu: tablice značajki / broja / / bit će ovdje izuzetno česte.
@KonradRudolph - Dogovoreno, bila je šteta kad sam saznao da tablice označavanja nisu podržane!


Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...