Pitanje:
Koja je razlika između ENCODE Tier 1, 2 i 3 tipova stanica?
juniper-
2017-05-25 23:21:50 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Eksperimentalna matrica ENCODE na UCSC navodi različite dostupne tipove stanica u kategorijama "Razina 1", "Razina 2" i "Razina 3". Koja je razlika između ovih klasifikacija?

Što, na primjer, čini GM12878 tipom ćelije razine 1, a A549 tip ćelije razine 2?

enter image description here

Trebali biste pročitati [Korisnički vodič za enciklopediju DNK elemenata (ENCODE)] (http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001046)
Dva odgovori:
#1
+6
Devon Ryan
2017-05-25 23:44:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Razine označavaju izvorni prioritet sekvenciranja i obrade uzoraka. To je razumljivo s obzirom na broj oznaka i vrste eksperimenata koje je ENCODE pokušao nizati. Dodatni detalji dostupni su na web mjestu ENCODE.

Uredi : Samo da se malo prošire, stanice prvog reda trebale bi se prvo obraditi. Tada je drugi nivo došao na drugo mjesto. Naravno da je nivo 2 imao PUNO više stanica, pa se podijelio na 2 i 2,5, budući da su već postojale stanice nivoa 3.

#2
+1
emilliman5
2017-05-27 01:27:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Sa web stranice Encode:

... Kako bi pomogao u integraciji i usporedbi podataka proizvedenih pomoću različitih tehnologija i platformi, konzorcij ENCODE odredio je vrste stanica koji će koristiti svi istražitelji. Ovi uobičajeni tipovi stanica uključuju i stanične linije i primarne tipove stanica, a izrađuju se planovi za istraživanje upotrebe primarnih tkiva i embrionalnih matičnih stanica (ES).

Tipovi stanica odabrani su uglavnom iz praktičnih razloga, uključujući njihova široka dostupnost, sposobnost da se lako uzgajaju i njihova sposobnost da proizvedu dovoljan broj stanica za upotrebu u svim tehnologijama koje istražitelji ENCODE koriste. Sekundarna razmatranja bila su raznolikost u izvoru tkiva stanica, zastupljenost loze klica, dostupnost postojećih podataka generiranih pomoću tipa stanice i koordinacija s drugim tekućim projektima. Također se nastojalo odabrati barem neke vrste stanica koje imaju relativno normalan kariotip ...



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...