Pitanje:
Je li moguće izvođenje sekvenciranja MINION izvan mreže?
Iakov Davydov
2017-05-31 11:22:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nejasno se sjećam da je izvorni plan Oxforda Nanopore bio pružiti jeftine sekvence (MinION), ali naplaćivati ​​osnovno pozivanje. Iz tog se razloga osnovno pozivanje izvodilo u oblaku, a plan je bio učiniti ga komercijalnim nakon uspostavljanja tehnologije.

Naravno, to ograničava potencijalnu uporabu MinION-a na terenu, budući da ogromna područja nemaju pristojnu internetsku vezu. Također, ne mogu se svi podaci legalno prenijeti trećoj tvrtki u kliničkim studijama.

Na primjer, za rad o eboli, morali su stvoriti posebnu verziju njihov softver:

Izvanmrežnu verziju MinKNOW-a, s onemogućenim internetskim 'pingom' i onemogućenim internetskim ažuriranjima, omogućila nam je tvrtka Oxford Nanopore Technologies posebno za projekt

Danas je dostupno nekoliko nezavisnih pozivatelja. Svjestan sam Nanocall-a i DeepNano-a, ali budući da nisu službeni, može im biti teško pratiti najnovije verzije sekvencera i ćelija.

  1. Je li od danas moguće sekvenciranje izvan mreže bez posebnog aranžmana (poput ebole).
  2. Ako ne, kakva je politika Oxford Nanopore prema bazama trećih strana pozivatelji? Hoće li im pomoći ili će ih na kraju tužiti?
Dva odgovori:
#1
+8
gringer
2017-05-31 16:09:17 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kratki odgovor: da, ali prije nego što to učinite trebate dobiti odobrenje (i modificirani softver) od ONT-a.

... ali to ne govori cijelu priču. Ovo pitanje može biti vrlo zbunjujuće i to bez krivnje ispitivača. Problem je u tome što je za MinION sekvenciranje (ili preciznije, generiranje sirovih podataka u obliku traga električnog signala) različito i odvojeno od baznog poziva. Mnogi drugi sekvenceri također imaju različite sirove podatke i faze pozivanja baze, ali nisu demokratizirani do stupnja u kojem su na Minionu.

Dio "sekvenciranja" MinION sekvenciranja provodi ONT softver , naime MinKNOW. Kao što mi je objašnjeno tijekom PoreCampAU 2017, kad je MinION u početku priključen na računalo, nedostaje mu firmware potreban za provođenje sekvenciranja. Najnovija verzija ovog firmvera obično se preuzima na početku izvođenja sekvenciranja slanjem zahtjeva na ONT poslužitelje. U uobičajenom slučaju ne možete napraviti sekvenciranje bez mogućnosti pristupa tim poslužiteljima, a ne možete ni sekvenciranje bez da ONT zna za to. Međutim, ONT potvrđuje da postoje ljudi koji neće imati pristup Internetu prilikom sekvenciranja (npr. Sekvenciranje ebole u Africi ili metagenomsko sekvenciranje usred oceana) i e-mail na <[email protected]> s razlozima vjerojatno će rezultirati brzim softverskim rješavanjem lokalnog problema sekvenciranja.

Jednom kada se prikupe neobrađeni signali, dio sekvenciranja MINION-a koji poziva "bazu" može se izvršiti bilo gdje. ONT-ov osnovni pozivatelj je Albacore, a ovo će dobiti prva ažuriranja modela kad god se promijeni tehnologija sekvenciranja (što se puno događa). Albacore je lokalni pozivatelj koji se može dobiti od ONT-a pregledavanjem stranica njihovih zajednica (dostupno svima koji imaju MINION); ONT se prebacio na to da ljudima omogućava lokalno pozivanje lokalno samo otprilike u travnju 2017. godine, nakon što je utvrdio da je korištenje AWS poslužitelja jednostavno preskupo. Albacore je open source i besplatan kao u pivu, ali ima restriktivni ugovor o licenciranju koji ograničava distribuciju (i izmjene) programa. Međutim, Albacore nije jedini dostupni osnovni pozivatelj. ONT pruža FOSS osnovni pozivač pod nazivom nanonet. Zaostaje malo za tehnologijom Albacore, ali ONT je rekao da će se sve korisne promjene Albacore-a na kraju proširiti do nanoneta. Poznat mi je još jedan pozivalac baze podataka koji nije ONT i koji koristi neuronsku mrežu za osnovno pozivanje: deepnano. Postoje i drugi osnovni pozivi, svaki na tehnološkoj udaljenosti, a očekujem da će se u budućnosti pojaviti još više kako se tehnologija stabilizira i kada računalni znanstvenici budu otporniji na promjene.

Uredi: ONT ima upravo povukli zavjesu na njihovom softveru za pozivanje; sva spremišta koja sam do sada pregledao (osim Cliveomea) izdana su pod Mozilla Public License (besplatni i otvoreni izvor, s nekim uvjetima i ograničenjima). U to spremište softvera uključen je Scrappie, što je njihova verzija testiranja / krvarenja Albacore.

#2
+5
H. Gourlé
2017-05-31 12:09:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ukratko, podržano je pozivanje izvan mreže.

Oxford nanopore stavio je na raspolaganje službenog izvanmrežnog pozivatelja poziva, nazvanog albacore. Ako imate račun na web mjestu zajednice nanpore, možete ga preuzeti s ovdje.

Što se tiče pokretanja na terenu, zadnji put kad sam provjerio da je pozivanje uživo još uvijek zahtijevalo puno računarske snage, pa ćete možda htjeti pokrenuti MinION na terenu, ali basecall jednom vratite svoj laboratorij / računarstvo.

Nisam svjestan bilo kakvih planova za tužbu nezavisnih pozivalaca mislim da je Oxford Nanopore prilično pozitivan prema njima :-)

Pokretanje MinION-a na terenu i ponovno pozivanje u laboratoriju poništava cijelu (pa i dio) svrhe: trenutno postizanje rezultata.
Točno u nekim slučajevima, ali ponekad želite sekvencirati uzorke u udaljenim područjima / mjestima na kojima bi bilo nepraktično / nemoguće vratiti se u laboratorij s kvalitetnim uzorcima DNK (tj. Otežan pristup suhom ledu za transport). MinION omogućuje sekvenciranje na terenu, a zatim analizu u laboratoriju.EDIT: Također, za mali niz sekvenciranja vjerojatno možete uspostaviti osnovni poziv s dobrim prijenosnim računalom (8+ procesora)


Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...