Pitanje:
provjera valjanosti identificiranih podpopulacija stanica u scRNA-seq
Deffiz
2017-06-03 00:22:35 UTC
view on stackexchange narkive permalink

U analizama podataka o jednoćelijskim RNA-seq postoje različiti nenadzirani pristupi za identificiranje navodnih subpopulacija (npr. dostupni sa paketima Suerat ili SCDE).

Postoji li dobar način računalne provjere valjanosti rješenja klastera? Različite metode mogu rezultirati nešto drugačijim rezultatima klasteriranja. Kako znati koji je najbolji, tj. Predstavnik bioloških podskupina?

Ima malo ludosti u pokušaju računalne provjere valjanosti računalnih metoda bez skupa podataka poznate istine ...
Promijenio sam scRNA u jednoćelijsku RNA (budući da scRNA znači i malu uvjetnu RNA).
@Kamil "scRNA-seq" ustaljeni je naziv za jednoćelijske RNA-seq.
Dva odgovori:
#1
+6
olga
2017-06-03 00:50:22 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ovdje bi mogao biti od koristi SC3, jednostanični konsenzusni klaster. Cilj mu je postići "visoku točnost i robusnost kombiniranjem višestrukih rješenja za klasteriranje putem konsenzusnog pristupa" https://www.nature.com/nmeth/journal/v14/n5/full/nmeth.4236.html

#2
+2
Alec
2017-06-14 06:38:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Iako bi bolje metode procjene vaših klastera bile upotreba vanjskog skupa podataka ili skupa podataka s poznatom istinom, postoji niz internih mjernih podataka za provjeru valjanosti koji se mogu koristiti za usporedbu rješenja za klasteriranje bez drugog skupa podataka.

Evo nekoliko mjernih podataka:

  • Davies-Bouldinov indeks
  • Calinski-Harabaszov indeks
  • Standardno odstupanje od srednjeg kvadrata

Mnogo više možete pronaći u ovom pregledu klastera: http://stke.sciencemag.org/content/9/432/re6

Ovi interni mjerni podaci validacije ocjenjuju vaše rješenje klasteriranja na temelju tri mjere: kompaktnosti, povezanosti i razdvajanja. Kada upotrebljavate ove mjerne podatke za usporedbu rješenja klasteriziranja, svakako razmotrite koja je metrika prikladna za vaše rezultate jer neki algoritmi rade optimiziranjem određenih mjera.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...