Pitanje:
Potvrdite uspjeh ili neuspjeh normalizacije RNA-Seq
Scott Gigante
2017-05-18 05:28:24 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Radim sa skupom (skupnih) RNA-Seq podataka prikupljenih u više izvođenja, pokrenutih u različito doba godine. Normalizirao sam svoje podatke pomoću normalizacije veličine knjižnice / kvantila / RUV-a i želio bih provjeriti (kvantitativno i / ili kvalitativno) je li normalizacija uspjela ukloniti batch efekte ili nije.

Važno je napomenuti da pod pojmom "normalizacija je uspjela" jednostavno mislim da su neželjene varijacije uklonjene - potrebna je daljnja analiza kako bi se osiguralo da biološka varijacija nije uklonjena. Koji su neki grafikoni / statistički testovi / softverski paketi koji pružaju QC u prvom koraku za normalizaciju?

Dva odgovori:
#1
+17
SmallChess
2017-05-18 05:49:44 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Trebali biste koristiti grafičke okvire i PCA. Pogledajmo papir RUV-a:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4404308/

Prije normalizacije i nakon normalizacije UQ :

enter image description here

Knjižnice to rade ne klaster kako se očekuje prema liječenju. ... za UQ-normalizirane brojeve. UQ normalizacija ne dovodi do boljeg grupiranja uzoraka ...

Prije normalizacije, medijani u okvirnoj ploči očito izgledaju vrlo različito među replikama.

Nakon UQ normalizacija, medijani izgledaju bliže, ali Trt.11 izgleda kao odstupanje. Nadalje, tretmani nisu grupirani na PCA ploči. Budući da su replike, htjeli biste da budu blizu na radnji.

Nakon normalizacije RUV-a

enter image description here

... RUVg smanjuje mjere izraza za Knjižnicu 11 prema medijanu u knjižnicama, sugerirajući robusnost u odnosu na izvanredne vrijednosti. ... Knjižnice se grupiraju prema očekivanjima liječenja. ...

RUV je distribuciju učinio robusnijom, a uzorke bližim na PCA ploči. Međutim, još uvijek nije savršen jer jedan od tretmana nije blizu druga dva na prvom računalu.

Vinjete za Bioconductor RUVSeq opisuju dvije funkcije: plotRLE i plotPCA .

Mogao bih ukazati na razliku između RLE crteža (prikazano ovdje) i običnog boksa (razlika napravljena na stranici 3. pretiska u travnju 2017. na RLE Plots: Vizualizacija neželjenih varijacija u podacima visoke dimenzije na https://arxiv.org/ pdf / 1704.03590.pdf). Inače izvrstan odgovor, ali važan da objasnim što RLE znači.
#2
+8
Daniel Standage
2017-05-23 00:07:50 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Vizualni pregled s histogramima, grafičkim prikazima ili nekom drugom vizualizacijom distribucije je put kojim se ide. Prije normalizacije, vaše količine mogu izgledati otprilike ovako. Pre-norm

Nakon normalizacije, trebale bi izgledati otprilike ovako. Post-norm

Pogledajte ovaj post na blogu za primjer koda.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...