Pitanje:
Kako se konstruira kladogram odnosa među vrstama?
twmccart
2017-05-18 00:20:52 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Imam podatke o SNP-u od nekoliko sorata riže koje sam koristio za izradu poravnanja, ali mislim da uobičajeni modeli i algoritmi koji se koriste za generiranje filogenetskih stabala nisu prikladni, jer ti kultivari nisu rezultat događaja specifikacija i bili su križani u njihovoj povijesti. Kako mogu najbolje izračunati i vizualizirati njihov stupanj srodstva?

Pretpostavljate topologiju stabla kada želite nacrtati kladogram. Pod ovom pretpostavkom možete koristiti samo tipične graditelje stabala. Njihova je glavna pretpostavka odnos nalik drvetu.
Tri odgovori:
#1
+4
nuin
2017-05-18 09:30:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Čak i uz srodstvo u srodstvu i druge genetske pojave koje bi mogle prikriti stvarni razvoj ovih sorti, bilo koja filogenetska metodologija bila bi sposobna točno odrediti odnose.

Pokušajte stvoriti stablo za susjedsko spajanje pomoću MEGA, što je jedna od najjednostavnijih dostupnih metoda. To bi vam trebalo pružiti dovoljno za provjeru odnosa kultivara.

#2
+1
Jonathan Moore
2019-08-21 19:58:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ako su pristupi ukršteni (u sukobu s filogenijom nalik drvetu), možete isprobati Splitstree, koji pokušava procijeniti filogeniju nalik stablu s dodanim događajima hibridizacije.

#3
  0
Michael
2019-08-21 20:08:51 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Čekajte, u pravu ste, ali drveće ovdje ne radi.

Ovo je područje populacijske genetike. Generirat ćete frekvencije alela za svaki lokus. Frekvencije alela koristit će se za uspostavljanje Hardy-Weinbergove ravnoteže, F statistike, Fst i Fis

H-W započinju upotrebom API-ja Struktura da bi se utvrdilo koliko populacija imate. Ovo su vitalne informacije za sljedeće dvije analize:

  • Fis je ovdje posebno koristan jer je koeficijent srodstva u srodstvu, što je bliži 1, to su podaci više inbridirani .

  • Prve udaljenosti mogu se koristiti za generiranje stabla, ali ovo nije model točkastih mutacija, već model migracije između populacija. U MEGA možete unijeti matricu udaljenosti i od nje napraviti stablo, Fstat API (mislim) će to učiniti umjesto vas.

Pop gen je teško doći do glave u početku, ali naviknut ćete se na to.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...