Pitanje:
Koje su sve referentne datoteke proizvedene bwa indeksom i ovise li o tome je li referenca zipirana?
mattm
2017-06-03 00:36:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Indeksirao sam gzipped referencu s bwa: bwa index reference.fa.gz , koja stvara niz drugih datoteka reference.fa.gz. {amb, ann, bwt, pac, sa} . Oni dobro rade s poravnavanjem bwa.

Otkrio sam da samtools ne uzima gzipiranu referencu, pa planiram za svoj tijek rada koristiti unzipiranu verziju reference, umjesto da radim s dva odvojena prikaza referenca.

Jesu li datoteke reference.fa.gz. {amb, ann, bwt, pac, sa} ovisne o gzipiranju reference? Trebam li ponovno indeksirati raspakiranu referencu.fa pomoću bwa ili mogu jednostavno preimenovati trenutne datoteke kako bih uklonio dio .gz imena datoteke?

Jedan odgovor:
#1
+6
Devon Ryan
2017-06-03 00:46:16 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dobit ćete potpuno isti indeks ( amb , ann , bwt , pac i sa datoteke) bez obzira je li referenca gzipirana ili ne. BWA također izrađuje vlastiti spakirani referentni niz (.pac datoteka), tako da vam čak ni genom nije potreban nakon indeksiranja.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...