Pitanje:
Postoji li neki javno dostupan multi-omics skup podataka?
rraadd88
2017-05-30 17:29:00 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Tražim skup podataka s višestrukim omicima koji može uključivati ​​genomiku, transkriptomiku i proteomiku (npr. snyderome). Takav skup podataka potreban mi je u uvodnu svrhu istraživanja podataka. Dakle, to može biti iz bilo kojeg organizma domaćina i bilo koje eksperimentalne metode / uvjeti.

Postoje li baze podataka / spremišta u kojima ih mogu pronaći?

Trebaju li vam stvarno sve 3 ili će bilo koja od njih dvije uspjeti? Za "genomiku" želite li histonske oznake (ili metilaciju) ili samo DNAseq (npr. Za pozivanje varijanti)?
genomika (DNAseq) bila bi bitna. ostatak bilo kojeg sloja (barem dva) bi radio.
Molimo [uredite] svoje pitanje i razjasnite što vam treba. Mora li sve biti iz iste stanice ili pojedinca? Tražite li skup eksprimiranih proteina, transkribirane RNA i pripadajuće sekvence genoma? Ili možda oni s određenim stanjem? Što je paralelna genomika?
Htio sam dati prijedlog za preoblikovanje pitanja, ali očito sam napravio uređivanje. Ako sada ne kaže što ste htjeli, slobodno to vratite natrag ...
Tri odgovori:
#1
+10
rraadd88
2017-05-30 17:53:40 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Postoji baza podataka koja se zove OmicsDI, gdje se mogu pretraživati ​​skupovi podataka s više omica.

Evo veze povezane publikacije (Perez -Riverol, Yasset, et al. "Omics Discovery Index-Otkrivanje i povezivanje javnih Omics baza podataka." BioRxiv (2016): 049205.) za više detalja.

#3
+2
Johannes Griss
2017-06-03 16:31:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Pored OmicsDI-a, EBI ima posebno spremište za skupove podataka s više omica: https://www.ebi.ac.uk/biosamples

Povezuje različite skupove podataka između spremišta, odn. PRIDE za podatke temeljene na MS / MS i ArrayExpress za podatke RNASeq.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...