Pitanje:
Phyre2 vs ITasser, generirani su potpuno drugačiji modeli
Te-Yo
2017-05-19 23:59:49 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ima li netko iskustva u generiranju pdb struktura pomoću mrežnih alata Phyre i ITasser. Rezultati generirani na svakom danom istom unosu aminokiselinskih sekvenci vrlo su različiti i pitam se je li to uobičajeno iskustvo. Znam da je ITasser bio broj 1 na CASP stazama, ali bi li rezultati trebali biti toliko različiti?

Uvijek biste trebali proći svoje modele kroz program za ocjenu kvalitete modela kako biste procijenili pouzdanost i odabrali najbolji.
Dva odgovori:
#1
+5
Rosalind Was Robbed
2017-05-20 09:11:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Manje sam upoznat s Phyreom, ali I-TASSER je doista sofisticirani sustav koji uzima rezultate pretraživanja pomoću više uvojaka i uključuje ih u ab initio simulaciju koja pokušava umanjiti energiju modela uzorkovanjem mnogih moguće 3D konformacije, što mislim da Phyre ne čini.

https://en.wikipedia.org/wiki/I-TASSER#/media/File:I-TASSER-pipeline. jpg

Usporedite sa sličnom shemom tijeka rada za Phyre:

http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/images /nprot.2015.053-F1.jpg http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html

Predviđanje strukture još uvijek mora prijeći dug put i uvijek ćete dobiti bolje rezultate ako u PDB-u postoje bliski homolozi, ali s obzirom na postojane visoke performanse I-TASSER-a u CASP-u, tretirao bih te rezultate kao značajnije . Usprkos tome, ne može naškoditi razmatranju više odgovora.

Uredi: uključena je blmooreova veza do druge polovice sheme Phyre protokola

Povezujete samo prvu polovicu phyre2 tijeka rada: http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html
#2
+1
Joe Healey
2019-04-04 13:13:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ovo možda nije cjeloviti odgovor na pitanje, ali jedna ključna razlika između Phyre i ITasser (mislim da sam u pravu kad kažem) jest da Phyre vraća samo regije modela za koje smatra da su dovoljno dobro modelirane, pa to možda nije model pune duljine. S druge strane, ITasser uvijek generira modele pune veličine.

Kao što jedan od ostalih odgovora aludira, vrlo ovisi o vašem proteinu koji vas zanima. Ako nije dobro predstavljen u bazama podataka, početne faze navoja neće dati dobre modele, a svi sljedeći koraci trpe kao rezultat.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...